洁净工程应牢固且耐用、便于维护、便于清洁，并具有能防止食品接触区和内包装材料受到污染（如有害动物侵入、栖息地和繁殖）的结构等等。为防止交叉污染，人员通道和物料输送通道应分开设置，每条通道应设置气幕（即风幕）或双向弹簧门、电子灭蚊（蝇）器等防虫设施，需将通向室外的管道、门窗、通风管道周围的缝隙全部填满，所有窗户、通风口和风扇口都应设置防护网，高度不仅要满足工艺和卫生的要求，还要满足设备安装、维修及保养的需求。该工程适用于食品、烘焙、乳制品、罐头、海鲜、调味品等。

清洁工程地面及排水： 

地面应铺设环保、不渗透、不吸收、防滑、不开裂、易于清洁和消毒的建筑材料（如耐酸砖、水磨石、混凝土等），地面要有适当的坡度（1.0-1.5为宜）。 

清洁工程屋顶和天花板： 

屋顶和天花板应采用不吸水、表面光滑、环保、防霉、耐腐蚀、易于清洁的浅色材料覆盖或装饰。在结构上，可以减少结露和滴水。酸奶暴露的上方不应有蒸汽、水、电等辅助管道，防止灰尘或冷凝水落入电脑。 

清洁工程墙壁、门窗： 

墙壁应采用环保、不吸收、不渗透、防霉、光滑、易清洁的浅色材料建造，用这种材料装饰的高度应达到屋顶。所有门窗结构应采用防锈、防潮、易清洁的密封框架。 

洁净工程照明及照明设施： 

要配备有充足的自然采光和人工照明，加工场地工作面混合照度不应低于300lx，配料级灌装车间不应低于800lx。 

洁净工程空气处理净化设施： 

要配备有效的通风设备，气流方向应从洁净区流向不洁净区。使用机械通风时，换气次数应大于每小时3次。洁净室温度控制在15-27℃之间，湿度控制在50℃以下，入口处应设置人员、物料净化设施。